Call of Duty modern Warfare 3 comienza al final de Modern Warfare 2, con las fuerzas rusas situadas en los Estados Unidos. Vladimir Makarov esta de vuelta, y el Capitan John "Soap" MacTavish, junto al Capitan John Price estan huyendo junto al informador Nikolai.

El trio se oculta en una casa en Dharmasala, India, donde son atacados por los hombres de Makarov. El jugador toma el papel de Yuri, que a su vez trabaja para Nikolai. Cuando la casa deja de ser segura, los soldados americanos escapan en helicoptero.

Tras esta introduccion, la accion se desarrolla en Manhattan, donde el ejercito ruso ataca a traves de barcos ubicados en el rio Hudson. Para contrarrestar estos ataques, los Estados Unidos llaman a las Delta Force donde los jugadores tomaran el papel de Frost, un operativo del comando de Sandman.