Diez años después de los acontecimientos de Lost Planet, el hielo ha comenzado a derretirse, dando paso a la selva y el desierto. Toma el control de un pirata de las nieves y labra tu propio destino en este mundo cambiante.

El Lost Planet original presentó E.D.N III a los jugadores de PlayStation 3. Con un planeta Tierra devastado por el calentamiento global, la colonización de E.D.N. III se convirtió en el principal objetivo de la corporación Neo-Venus Construction (NEVEC).

Posteriormente, el Pirata de la Nieve Wayne Holden trataría de desmantelar NEVEC y destruir a los Akrid, una especie de insectos de apariencia alienígena que habitan en E.D.N. III, a fin de crear un nuevo hogar para la raza humana. Diez años más tarde, cuando da comienzo la historia de Lost Planet 2, los esfuerzos de terraformación han dado sus frutos y, gracias a ellos, E.D.N. III cuenta con variados entornos, como exuberantes junglas y extensos desiertos.

Controlarás a tu propio Pirata de la Nieve personalizado por las misiones que encontrarás en los seis episodios del título. El desarrollo de la historia dependerá de tus acciones y de las de tus compañeros durante la lucha por haceros con el control del cambiante planeta.