En algún lugar dentro del ardiente desierto de Persia se encuentra una ciudad mística donde se albergan inimaginables poderes mágicos. El principe que logrará reclamar el poder de las míticas arenas del tiempo se dirige justo hacia esta ciudad para reencontrarse con su hermano Malik. Por desgracia al llegar a su palacio se da cuenta que este se encuentra bajo el ataque de una armada formada por cientos de soldados de la oscuridad. Para lograr salvar el reino de su hermano, el joven principe deberá aprender la lección de que un gran poder puede llegar a costar mas de lo que podría ofrecer.

La formula característica de las aventuras del principe en la saga Sands of Time regresa para brindar una gran experiencia de aventura a los usuarios de la nueva generación. Las arenas del tiempo sirven para retroceder unos segundos cada acción que se ejecute en el juego, dando la oportunidad de reparar cualquier error cometido. Además, ahora el principe ostenta ciertos poderes mágicos que le ayudan a manipular ciertos elementos naturales para combatir a las tropas de la obscuridad.