En el año 1615, durante el periodo Edo, el misterio Kage-sama planea acabar con el mandato del recién nombrado Shogun. Toma el control de un equipo de ninjas mortales, conviértete en uno con las sombras y elimina a los aliados de Kage-sama en un nuevo juego táctico en el que el sigilo lo es todo y en el que ser descubierto por el enemigo supondrá una muerte casi segura.

Evalúa cuidadosamente tus opciones en trece desafiantes y extensas misiones aparentemente imposibles, en las que siempre estarás superado numéricamente, eligiendo al miembro adecuado para cada tarea y elaborando tus propias estrategias. Controla al ágil ninja Hayato, al poderoso samurái Mugen, a la maestra del camuflaje Aiko, al joven ladrón Yuki o al misterioso tirador Takuma; un equipo de desconocidos que estrechará sus lazos en el transcurso de la historia mientras se enfrentan a sus propios demonios personales.