La historia principal se centra en la ciudad de Chicago, en el año 2010, y nos lleva al entrono de un hombre llamado Aiden Pearce, quien ha hackeado la "CtOS" (Central Operating System) de Chicago, la cual es un sistema informatico centralizado que controla casi todos los dispositivos tecnológicos de toda la ciudad, y contiene información detallada de los habitantes, la cual puede ser utilizada para distintos propósitos.El juego consiste en el hackeo de varios dispositivos electrónicos como teléfonos celulares, cámaras y semáforos para lograr el objetivo de la misión. También se podrá bloquear las comunicaciones y escuchar conversaciones telefónicas, todo esto, desde el dispositivo del personaje. Se puede acceder también a la información de la base de datos central de los personajes no jugables como información personal, salud y su probabilidad de violencia.